Imam Musa bin Ja’far al-Kazhim As mencapai syahadahnya pada 25 Rajab tahun 183 H di kota Baghdad, tepatnya di dalam penjara Sindi bin Syahik. Mengenai kisah kesyahidan Imam al-Kazhim As terdapat nukilan riwayat yang berbeda-beda. Mayoritas ahli sejarah berpendapat, Imam As dibunuh dengan cara diracun, dan menyebutkan pelakunya adalah Yahya bin Khalid dan Sindi bin Syahak. Namun sebagian lain mengatakan, Imam Musa As dibunuh dengan cara dicekik, dan terdapat juga pendapat yang menyebutkan, Imam As dibunuh dengan cara memasukkan timah ke dalam tenggorokannya.

Setelah Imam Kazhim a.s. syahid, Sindi mengumpulkan beberapa orang faqih dan pembesar Baghdad. Setelah mereka sampai di samping jenazah Imam, ia berkata kepada mereka: “Lihatlah dengan seksama, apakah kalian melihat bekas tusukan pedang atau panah di tubuhnya?” “Kami tidak melihat bekas tersebut”, jawab mereka. Setelah itu ia meminta dari mereka untuk bersaksi bahwa Imam a.s. meninggal dunia secara biasa. Dan mereka bersaksi. Tak lama kemudian, ia mengeluarkan jenazah Imam a.s. dan diletakkannya di jembatan Baghdad. Ia memerintahkan seseorang untuk berteriak: “Ini adalah Musa bin Ja’far telah mati. Lihatlah!” Orang-orang yang lewat di situ memperhatikan jenazahnya dan mereka tidak melihat bekas pembunuhan sedikit pun.

Berkenaan dengan lamanya Imam Kazhim a.s. dipenjara, terdapat beberapa pendapat yang sangat berbeda. Satu pendapat menyatakan 4 tahun, pendapat kedua mengatakan 7 tahun, pendapat ketiga mencatat 10 tahun dan pendapat keempat 14 tahun.