Beliau juga menyingkap tabir penyimpangan yang dilakukan musuh Islam dan para oportunis. Imam Baqir begitu menguasai Al Quran sampai-sampai Malik Ibn A'yun Jahni, seorang penyair yang hidup sezaman dengannya, membuat syair khusus untuk beliau. Malik berkata, seandainya masyarakat mencari ilmu Al Quran, mereka harus tahu bahwa Quraisy punya yang terbaik dan seandainya Imam Baqir mengucapkan kata-kata tentang ilmu Al Quran, maka akan keluar cabang-cabang yang banyak darinya.

Di masa Imam Baqir terjadi sejumlah transformasi politik dan transisi kekuasaan dari Bani Umayah ke Bani Abbas. Di masa itu, beliau berhasil memanfaatkan situasi sebaik mungkin untuk mengajarkan dan menyebarluaskan ilmu pengetahuan serta budaya Islam.

Beliau mempelopori gerakan budaya dan ilmu pengetahuan di Dunia Islam yang menghasilkan kegemilangan di masa-masa setelahnya. Buah kerja keras Imam Baqir layaknya benteng kokoh yang berdiri menghadang pemikiran-pemikiran keliru dan menyimpang, dan berkat upayanya mendirikan kelas-kelas besar untuk menuntut ilmu dan budaya, maka ajaran luhur Nabi Muhammad Saw dan Ahlul Bait tersebar luas.

Syeikh Thusi, ilmuwan besar Islam menyebut jumlah murid Imam Baqir mencapai 462 orang. Tokoh dan ilmuwan besar di masa itu belajar kepada Imam Baqir. Muhammad bin Thalhah Syafii menggambarkan Imam Baqir seperti ini, beliau adalah pengungkap rahasia ilmu. Beliau menyampaikan kalimat pendek namun penuh makna dan hatinya bercahaya. Beliau memiliki ilmu yang suci dan terjaga. Beliau berakhlak mulia. Hidupnya dihabiskan hanya untuk mentaati Tuhan. Ia dekat dengan Tuhan dan layak untuk menjadi seorang pemimpin.

Keilmuan Imam Baqir di masa hidupnya sangat menonjol dan ia selalu dikelilingi para ilmuwan yang kehausan dan mencari mata air pengetahuan. Kemasyhuran ilmu Imam Baqir terdengar hingga ke pelosok negeri-negeri Muslim khususnya di antara para ilmuwan, namanya begitu akrab di telinga mereka. Keharuman nama Imam Baqir itu lebih santer di tengah masyarakat Irak, sehingga di sana, baik kawan ataupun lawan memuji ilmu Imam Baqir.

Dalam sejarah tercatat, Hisham bin Abdul Malik, Khalifah Bani Umayah saat itu, suatu waktu melihat Imam Baqir di Masjidil Haram dan dengan bersandar ke tangan budaknya ia bertanya, apakah dia orangnya yang dicintai masyarakat Irak itu dan mereka kagum dengan ilmunya ? Budaknya menjawab, benar. Lalu Hisham memerintahkan budaknya untuk mendatangi Imam Baqir agar menjawab pertanyaan-pertanyaan khalifah. Kemudian Hisham menyampaikan pertanyaannya dan Imam Baqir menjawab hingga ia tak mampu berkata-kata lagi.

Imam Baqir meski sibuk melakukan aktivitas keilmuan dan budaya, namun tidak melalaikan masalah politik dan sosial. Beliau selalu memprotes penguasa lalim dan penindas. Demi menyadarkan masyarakat, Imam Baqir menjelaskan kriteria pemimpin yang adil dan saleh sehingga masyarakat bisa mengukur para penguasa dengan standar itu dan memahami kelemahan serta penyimpangan mereka.