أبي (رحمه الله): قلت له: أجل فلا تحدث به أحداً، فما صنعتَ وما قلت له؟ قال: سقط في يدي فلم أجد جواباً. قلت له: أفما ابيض قلبك لما شاهدت؟
قال: الله أعلم. قال أبي: فلما اعتل يزداد بعث إليَّ فحضرت عنده فقال: إن قلبي قد ابيض بعد سواده، وأنا أشهد أن لا إله إلا الله، وأن محمداً رسول الله، وأن علي بن محمد حجة الله على خلقه وناموسه الأعظم، ثم مات في مرضه ذلك، وحضرت الصلاة عليه (رحمه الله) ».
روى الكشي « 1 / 607 »: « عن علي بن جعفر قال: عُرض أمري على المتوكل، فأقبل على عبيد الله بن يحيى بن خاقان فقال له: لا تُتعبن نفسك بعرض قصة هذا وأشباهه، فإن عمه أخبرني أنه رافضي، وأنه وكيل علي بن محمد! وحلف أن لا يخرج من الحبس إلا بعد موته! فكتبت إلى مولانا: أن نفسي قد ضاقت، وأني أخاف الزيغ! فكتب إلي: أما إذا بلغ الأمر منك ما أرى فسأقصد الله فيك! فما عادت الجمعة حتى أخرجت من السجن.
وفي رواية ثانية: كان عليّ بن جعفر وكيلاً لأبي الحسن (ع) فسعيَ به إلى المتوكل فحبسه فطال حبسه، واحتال من قبل عبيد الله بن خاقان بمال ضمنه عنه ثلاثة آلاف دينار، وكلمه عبيد الله فعرض جامعهُ على المتوكل فقال: يا عبيد الله لوشككت فيك لقلت إنك رافضي، هذا وكيل فلان وأنا على قتله.