فلم يكن منه سوء قط ولم يذكر أمير المؤمنين إلّا بخير ولم يكن له تطلّع إلى ولاية ولا خروج ولا شيء من أمر الدنيا ولا دعا قط على أمير المؤمنين، فان رأى اميرالمؤمنين من أن يعفيني من أمره أو ينفذ من يتسلّمه منّي وإلا أطلقت سراحه». وقد بقي في سجن عيسى سنة كاملة.
فحُمِلَ الامامعليهالسلام مُقيّداً إلى بغداد تحفُّ به الشرطة والحراس، فأمر الرشيد باعتقاله عند الفضل ابن الربيع فحبسه في بيته، ولم يعتقله في السجون العامة «كالمطبق» وغيره نظراً لخطورة الامامعليهالسلام وسمو مكانته وعظم شخصيته.
كان هارون يُراقب بنفسه ما يقوم به الامامعليهالسلام ويتطلّع على شؤونه خوفاً من أن يتصل به أحد من الناس، أو يكون الفضل قد رفّهَ عليه، فأطلَّ من أعلى القصر على السجن فرأى ثوباً مطروحاً في مكان خاص لم يتغير عن موضعه، فقال للفضل:
ما ذاك الثوب الذي أراه كل يوم في ذلك الموضع؟! فقال الفضل: يا أمير المؤمنين ما ذاك بثوبٍ، وإنما هو موسى بن جعفر له في كل يوم سجدة بعد طلوع الشمس إلى وقت الزوال، فقال هارون: أما إنَّ هذا من رهبان بني هاشم؟!
فقال الفضل: يا أمير المؤمنين مالكَ قد ضيقت عليه في الحبس؟!
فقال هارون: هيهات لا بدَّ من ذلك.
لقد حُجب الامامعليهالسلام عن عياله وأطفاله وشيعته، ينقل من حبس إلى حبس، فالتجأ إلى الله سبحانه يخلّصهُ من سجن هارون، فجدّد طهوره وصلّى لربّه أربع ركعات ثم دعا في غلس الليل البهيم: «يا سيّدي: نجني من حبس هارون وخلصني من يده، يا مخلص الشجر من بين رملٍ وطين، ويا مخلص النار من بين الحديد