لقد التزمنا في الإجابة عن الشبهات في فصول هذا الكتاب منهجاً واضحاً يستند إلى الأساليب العلمية والمعتمدة في مجال البحث والتحقيق ، ويمكن تلخيص تلك الأساليب بالنقاط التالية :
١ ـ اعتماد التحليل والوصف في عرض الأجوبة ، ثم الحكم عليها من خلال نصوص القرآن الكريم والسنّة النبوية المباركة .
٢ ـ اعتماد المصادر الحديثية والروائية المعتمدة والمعتبرة عند علماء الطائفة السنّية .
٣ ـ اعتماد الكتب الرجالية والدرائية في تصحيح طرق الروايات والأحاديث الواردة عن النبي الأكرمصلىاللهعليهوآلهوسلم ، والاستناد في توثيق أو تضعيف الرواة على أصحّ المباني المعتمدة لدى كبار علماء الطائفة السنّية .
٤ ـ اعتماد أقوال علماء الطائفة السنية من خلال الرجوع إلى أهم المصادر والكتب المعتبرة .
٥ ـ الابتعاد عن لغة السب والتكفير والتجاوز على آراء وعقيدة المذاهب الإسلامية الأخرى ، معتمدين في ذلك كلّه على الأدلة الواضحة والبراهين الساطعة في سبيل الوصول إلى الحقيقة ، بعيداً عن التعصّب المذهبي والجدال بالباطل .
جاء البحث على النحو التالي :
تقسيم البحث إلى جزئيين ، وكل جزء يتضمّن على عدّة فصول .
وقد تضمّن الجزء الأول الفصول التالية :
الفصل الأول : وقد تناول الإجابة عن شبهة عدم الجعل الإلهي للإمامة .
أمّا الفصل الثاني : فقد اختصت الإجابة فيه عن الشبهة القائلة بأن حديث الأثني عشر فكرة يهودية .