Tak hanya berkaitan dengan keagamaan, gereja melakukan berbagai penindasan yang membuat masyarakat semakin berat untuk percaya pada agama, bahkan terhadap keilmuan. Seperti pada abad keenambelas dan ketujuhbelas masehi, para ilmuwan menghadapi berbagai tekanan darinya. Sebagai dampaknya, pada abad-abad berikutnya mewabah di permukaan hal berpaling dari keagamaan dan kecenderungan pada materialisme.

Dalam catatan sejarah, seorang filosof besar Italia dihukum mati dengan cara dibakar. Lama kemudian setelah peristiwa tragis yang terjadi pada tiga-empat abad yang lalu itu, astronom dan fisikawan Italia yang sangat populer, Galileo, dihukumi murtad dan mulhid oleh uskup Romawi. Pasalnya, ia membatilkan pandangan Arestoteles terkait dengan Bima Sakti.

Buffon, seorang saintis Perancis dipaksa meninggalkan keyakinan yang dicapainya bahwa gunung dan lembah di bumi tidaklah qadîm (yakni, tidak ada sebelum penciptaan alam). Ia pun dipaksa untuk anti terhadap keyakinannya itu.

Ilmu pengetahuan yang dicapai dan ditemukan oleh para pecinta ilmu, seakan menjadi penghalang jalan gereja dan merupakan kekuatan yang membahayakan eksistensinya, sehingga pihak gereja harus memberi hukuman bagi para ilmuwan masa itu. Dalam sekian masa, para pemuka agama berdiri melawan keyakinan yang tak sepaham dengan mereka, dan anti kebebasan beryakinan.