Selama menetap di Baghdad, Imam Muhammad Jawad as benci dengan perilaku Makmun. Akhirnya beliau meminta izin kepada Makmun guna menunaikan ibadah haji dan dari sana beliau ke Madinah dan berhenti di sana hingga Makmun meninggal dunia.

Pasca kekhalifahan Makmun, saudaranya Muktasim menjadi khalifah. Ia tidak dapat menahan kebenciannya setiap kali mendengarkan kesempurnaan dan keutamaan akhlak Imam Muhammad Jawad as. Akhirnya ia memanggil Imam Muhammad Jawad as agar tinggal di Baghdad. Ketika hendak berangkat, beliau harus berpisah dengan anak tercintanya, Ali Naqi as dan kuburan kakeknya Rasulullah saw. Imam Muhammad Jawad as tiba di Baghdad pada 28 Muharram 220 H.

Muktasim tahu bahwa Ummul Fadhl tidak begitu suka kepada Imam Muhammad Jawad as. Karena beliau lebih memperhatikan ibu Imam Ali Naqi as. Oleh karenanya, Ummul Fadhl senantiasa mengadukan beliau kepada Muktasim. Bahkan hal ini telah dilakukan berkali-kali di masa hidup Makmun, tapi tidak diindahkan. Makmun tahu bahwa mengganggu Imam Muhammad Jawad as tidak maslahat bagi kekuasaannya.

Pada akhirnya, Muktasim berhasil meyakinkan Ummul Fadhl untuk membunuh Imam Muhammad Jawad as. Untuk itu ia mengirimkan racun kepada Ummul Fadhl agar dicampurkan ke dalam minuman beliau. Akhirnya Imam Muhammad Jawad as gugur syahid pada 29 Dzulqadah 220 H, akibat racun yang diberikan istrinya.