Selama menetap di Baghdad, Imam Muhammad Jawad as benci dengan perilaku Makmun. Akhirnya beliau meminta izin kepada Makmun guna menunaikan ibadah haji. Dari sana beliau pergi ke Madinah dan berhenti di sana hingga Makmun meninggal dunia.

Pasca kekhalifahan Makmun, saudaranya Mu’tasim menjadi khalifah. Ia tidak dapat menahan kebenciannya setiap kali mendengarkan kesempurnaan dan keutamaan akhlak Imam Muhammad Jawad as. Akhirnya ia memanggil Imam as agar tinggal di Baghdad. Ketika hendak berangkat, beliau harus berpisah dengan anak tercintanya Imam Ali Hadi as dan pusara kakeknya, Rasulullah saw. Imam Muhammad Jawad as tiba di Baghdad pada 28 Muharram 220 H.

Mu’tasim mengetahui bahwa Ummul Fadhl tidak begitu suka kepada Imam Muhammad Jawad as. Karena beliau lebih memperhatikan ibu Imam Ali Hadi as. Oleh karenanya, Ummul Fadhl senantiasa mengadukan beliau kepada Mu’tasim. Bahkan hal ini telah dilakukan berkali-kali di masa hidupnya Ma’mun, tapi tidak didengarkan olehnya. Ma’mun tahu benar mengganggu Imam Muhammad Jawad as tidak maslahat bagi kekuasaannya.

Pada akhirnya, Mu’tasim berhasil meyakinkan Ummul Fadhl untuk membunuh Imam Muhammad Jawad as. Untuk itu, ia mengirimkan racun kepada Ummul Fadhl agar dicampurkan ke dalam minuman beliau. Akhirnya Imam Muhammad Jawad as syahid akibat racun itu.