في بيت الإمام موسى الكاظم عليه السلام ولدت سليلة الطهر والعفاف فاطمة المعصومة. و حسب الكثير من الروايات فإن ولادتها عليها السلام كانت في غرّة شهر ذي القعدة سنة  173 للهجرة. وقد فتحت هذه السيدة عينيها على الدنيا في أيام محنة أبيها الإمام موسى الكاظم، الذي كان يعاني من مرارة السجن ف سجون العباسيين و طواغيتهم وقد أحاطت به الخطوب، فارتسمت حياتها بالحزن والأسى، وإذا كان عمرها عليها السلام ست سنوات يوم قبض على أبيها فهي في سنّ تدرك فيه غياب الأب عن البنت، وتعي ما يجري في هذا البيت، وما يسوده من الحزن والألم، وما يعانيه أهله من لوعة وعناء، ثم ما يتناهى إلى سمعها من شهادة الإمام موسى الكاظم عليه السلام، وما تلاها من أحداث مروّعة فيعتصر الألم قلبها الصغير، وهي لا ترجو لأبيها عودة إلى البيت، وترى أن هناك أخطاراً تحدق بأهل هذا البيت، وربّما أثار ذلك في نفسها كثيراً من التساؤلات حول ما يجري، ولماذا قصد أبوها بالذات، وأهل بيتها بالخصوص، بأنواع الإيذاء من دون سائر الناس، ولكنّها ما تلبث أن تدرك أن لهذه القضايا جذوراً تمتدّ إلى زمان جدّتها فاطمة الزهراء عليها السلام. وما كانت السيدة فاطمة المعصومة لتبقى مهملة بلا كفيل، فإنّها وإن فقدت أباها وهي في مقتبل العمر إلا أنّها عاشت في كنف شقيقها الإمام علي الرضا عليه السلام، وأولاها العناية الخاصّة في تربيتها ورعايتها، حتى غدت أفضل بنات الإمام موسى بن جعفر عليهما السلام. ونشأت هذه السيدة تتلقى من أخيها العلم والحكمة في بيت العصمة والطهارة، فأصبحت ذات علم ورواية ومقام.

 عاشت السيدة المعصومة في كنف والديها الكريمين، تكتسب منهما الفضائل والمكارم، إذ كان أبوها إماماً معصوماً وأمها "نجمة" أيضا من النساء الصالحات المؤمنات التي تعلمت في مدرسة زوجة الإمام جعفر الصادق عليه السلام. وكانت معروفة بالتقوى في ذلك الزمان. كانت السيدة المعصومة تستفيد كل يوم من والدها وأخيها المعصومين عليهما السلام وأمها التقية العالمة بحيث وصلت إلى مقام رفيع من العلم والفضيلة وصارت عارفة بالكثير من العلوم والمسائل الإسلامية في أيام صباها. في أحد تلك الأيام أتى جمع من شيعة أهل البيت إلى المدينة لكي يعرضوا بعض أسئلتهم الدينية على الإمام موسى الكاظم عليه السلام ويأخذوا العلم من معدنه، ولكن كان الإمام موسى الكاظم وكذلك ابنه الإمام علي الرضا عليه السلام مسافرين، ولم يكونا حاضرين في المدينة. فاغتم الجمع، لأنهم لم يجدوا حجة الله ومن يقدر على جواب مسائلهم، واضطروا للتفكير بالرجوع إلى بلدهم. وعندما رأت السيدة المعصومة عليها السلام حزن هؤلاء النفر أخذت منهم أسئلتهم التي كانت مكتوبة، وأجابت عليها، وعندئذ تبدل حزن الجماعة بفرح شديد ورجعوا ـ مع ظفرهم بجواب مسائلهم ـ إلى ديارهم راجحين مفلحين. ولكنهم في الطريق وفي خارج المدينة التقوا بالإمام الكاظم عليه السلام وحدثوه بما جرى عليهم. وبعد ما رأى الإمام جواب ابنته على تلك المسائل أثنى على بنته بعبارة مختصرة قائلا: "فداها أبوها".

كان حكام ذلك الزمان يؤذون أبناء النبي محمد صلى الله عليه وآله وسلم كثيراً، وخاصة الإمام الكاظم عليه السلام، فإنه عليه السلام لاقى من الخلفاء الجور والآلام والقسوة كثيرة. وهذه الآلام والمحن كانت تؤلم القلب الطاهر للسيدة المعصومة عليها السلام، وكان المسلي الوحيد لها وللعائلة هو أخوها المفدى الإمام علي الرضا  عليه السلام. عندما ولدت السيدة المعصومة عليها السلام كانت قد مضت ثلاث سنوات من خلافة هارون العباسي الذي كان له قصب السبق في ميدان الظلم والبطش ونهب أموال المسلمين. وهارون ـ لعلمه بتشدد الإمام الكاظم عليه السلام في مقاومة الطواغيت والإستنكار عليهم ـ استنفذ كل الوسائل لإخماد صوتهم وأنفق الكثير من أموال المسلمين على الشعراء لكي ينتقصوا منهم. و كان يسجن و بقتل و يشرد و يعذب من يمت للإمام موسى الكاظم عليه السلام و نهجه بصلة. وبعد ما استحكمت حكومته الظالمة على البلاد الإسلامية أمر بإعتقاله عليه السلام وسجنه. ومن هنا حرمت السيدة المعصومة عليها السلام من والدها والإستفادة من معينه الصافي وذلك في أواخر حياته الشريفة، وشعرت بالحزن الشديد على فقده. وكان عمر السيدة المعصومة حينذاك أقل من عشر سنوات، وكانت تحترق لفراق أبيها وتطيل البكاء عليه. وكذلك كان يصعب على الإمام الكاظم عليه السلام فراق أولاده البررة كالإمام الرضا عليه السلام والسيدة المعصومة، فصبر جميل. كان الإمام الكاظم عليه السلام قد بدل ظلمة السجن نورا بذكر الله. ولكن قلبه كان يخفق في السجن عندما يتذكر ابنته المعصومة ويشتاق إلى لقائها. في السنتين الأخيرتين من حياة الإمام الكاظم عليه السلام كان ينقل من سجن إلى سجن. وسبب التنقل بين هذه السجون هو أن هارون كان يأمر صاحب السجن بقتل الإمام عليه السلام، لكن لم يقدم بل ولم يقدر أحد من هؤلاء على هذا العمل الشنيع وأبى كل منهم عنه. إلى أن سمه السندي بن شاهك بأمر من هارون.

عاشت السيدة فاطمة المعصومة عليها السلام في كنف أخيها الإمام الرضا عليه السلام ورعايته مدّة من الزمن تمكّنها من تلقّي التربية والتعليم اللائقين بمقامها على يد أخ شقيق لم يكن في علمه ومقامه كسائر الناس، فهو الإمام المعصوم وهو المربّي والمعلم والكفيل. وهذه المدة وإن لم تخل من مضايقات عانى منها الإمام الرضا عليه السلام الشدائد والمحن وإن لم تصفُ للإمام عليه السلام ولم تخلُ من المضايقات إلا أن من اليقين أن الإمام قام بدوره مربّياً ومعلّماً وراعياً وكفيلاً، وفي طليعة من ربّاهم الإمام عليه السلام وعلّمهم شقيقته السيدة فاطمة المعصومة، فأخذت عنه العلم والمعرفة والفضائل والمناقب، حتى غدت ذات شأن عند الله تعالى كما جاء في زيارتها عليها السلام، وأنّ شفاعتها كفيلة بإدخال شيعة أهل البيت عليهم السلام  إلى الجنة، كما تحدّث بذلك جدّها الإمام جعفر الصادق عليه السلام. وقد كان لها عليها السلام بأخيها الإمام الرضا عليه السلام صلة خاصّة قلّ نظيرها كما كشفت عنها الروايات والأحداث. وقد نوّه الأئمة عليهم السلام بمكانتها ومنزلتها قبل ولادتها، وبعد أن ولدت وتوفيت. روي عن عدّة من أهل الرّي أنّهم دخلوا على أبي عبد الله الإمام جعفر الصادق عليه السلام، وقالوا: نحن من أهل الرّي، فقال عليه السلام: مرحباً بإخواننا من أهل قم، فقالوا: نحن من أهل الري، فأعاد الكلام، قالوا ذلك مراراً وأجابهم بمثل ما أجاب به أولاً، فقال عليه السلام: إن لله حرماً وهو مكّة، وإن لرسول الله حرماً وهو المدينة، وإنّ لأمير المؤمنين حرماً وهو الكوفة، وإنّ لنا حرماً وهو بلدة قم، وستدفن فيها امرأة من أولادي تسمّى فاطمة، فمن زارها وجبت له الجنّة. قال الراوي: وكان هذا الكلام منه عليه السلام قبل أن يولد الكاظم.

بعد أن أجبر المأمون العباسي الإمام علي الرضا على الحضور إلى مرو مكان إقامته ومغادرته عليه السلام المدينة انتهت اللحظات السعيدة في حياة السيدة فاطمة المعصومة عليها السلام، فيعد رحيل هذا الأخ الشفيق استعصب العيش جدا على جميع عائلة الإمام الكاظم عليه السلام وخاصة السيدة المعصومة.

مضت سنة على سفر الإمام علي الرضا عليه السلام إلى مرو، وأهل بيت النبى صلي الله عليه وآله وسلم في المدينة حرموا من عزيزهم الذي كانوا يستشعرون الرحمة واليمن بجواره. السيدة فاطمة المعصومة عليها السلام كبقية إخوتها وأخواتها قل صبرها وكانت كل يوم تجزع لفراق أخيها الإمام علي الرضا عليه السلام. في هذه الأيام كتب الإمام عليه السلام رسالة مخاطبا أخته السيدة المعصومة عليها السلام، وأرسل الرسالة بيد أحد خدامه إلى المدينة المنورة، وأمره أن لا يتوقف وسط الطريق كي يوصل الكتاب إلى المدينة المنورة بأقصر زمان ممكن، وكذلك فإنه عليه السلام دل الرسول على منزل أبيه حيث تسكن أخته المعصومة لكي لا يسأل من شخص آخر عن المنزل. وصل مبعوث الإمام إلى المدينة المنورة وامتثالاً لأمر الإمام عليه السلام سلم الكتاب إلى السيدة المعصومة. وعلى الرغم من أننا لا نعرف شيئا من محتوى ذلك الكتاب، لكنه مهما كان فقد أشعل نار الشوق في أهله وأقربائه. ومن هنا قررت السيدة المعصومة وبعض إخوة الإمام وأبناء إخوته أن يتحركوا نحو مرو ليلتحقوا به السلام. وبسرعة جهزت عدة السفر وتهيأت القافلة للسير وبعد أخذ الماء والمتاع خرجوا من المدينة قاصدين مرو. كان في هذه القافلة السيدة فاطمة المعصومة ويرافقها خمسة من إخوتها، هم: فضل وجعفر وهادي وقاسم وزيد. ومعهم بعض أبناء إخوة السيدة المعصومة وعدد من العبيد والجوارى. تحركت قافلة عشاق الإمام الرضا عليه السلام، وبغير المنازل الضرورية للصلاة والغذاء والإستراحة لم تتوقف لحظة عن المسير، مخلفة هضاب الحجاز وصحاريه وراءها مبتعدة يوما فيوما عن مدينة الرسول صلي الله عليه وآله وسلم. عناء السفر كان يؤذي السيدة المعصومة كثيراً، ومع أن قطع هذا الطريق الوعر كان شاقاً على شابة مثلها ولكنها لشدة ولهها وشوقها إلى زيارة أخيها كانت مستعدة لتحمل أضعاف هذا العناء. كانت السيدة في طريقها دائماً تتصور الوجه المشرق للإمام الرضا عليه السلام وتتذكر الأيام التي قضتها في المدينة، ولأنها ترى أن عينها ستقرّ برؤيته، فإنها كانت مسرورة جداً. انتهت المرحلة الصعبة من هذا السفر، وأخيرا وصلت القافلة إلى أراضي إيران، ولابد أيضاً من السفر واجتياز المدن والقرى واحدة بعد أخرى.

وأخيراً وصلت القافلة إلى مدينة ساوة. وهناك مرضت السيدة المعصومة مرضاً شديداً بحيث لم تقدر على متابعة المسير. هذا السفر الطويل المتعب من المدينة المنورة إلى ساوة وإن كان أضعف بدنها، إلا أن شدة المرض أنحلت جسمها وأشحبت لونها. هل إن أخت الإمام الرضا عليه السلام تستطيع في هذا الحال أن تكمل سفرها لتزور أخاها العزيز في مرو؟ وهل تستعيد عافيتها وتكمل السفر لتلتقي أخاها؟ هذه أسئلة كانت تشغل فكر السيدة المعصومة وتزيد من قلقها. وعلى أية حال، قررت السيدة بعد ذلك الذهاب إلى "قم"، وسألت من معها: "كم بيني وبين قم؟" أجابوها: عشرة فراسخ. وعند ذلك أمرتهم بالتوجه إلى قم. كانت قم خلال ذلك الوقت ملجأ الشيعة، مع أن مذهب التشيع لم يكن شائعا في إيران. ولما بلغ خبر وصول السيدة المعصومة إلى ساوة ومرضها هناك، إلى أهل قم، أجمع كل أهل المدينة أن يذهبوا إلى السيدة ويطلبوا منها الإقامة في قم. ولهذا ذهب "موسى بن خزرج" ممثلاً من أهل قم إلى بنت الإمام الكاظم عليه السلام وأخبرها برغبة القميين وفرط اشتياقهم بزيارتها، وأجابت السيدة المعصومة طلبهم وأمرت بالحركة نحو قم. أخذ موسى بن خزرج زمام ناقة السيدة المعصومة عليها السلام مفتخرا، وقادها إلى المدينة التي كانت تنتظر قدوم أخت الإمام الرضا عليه السلام. في 23 ربيع الأول سنة 201 هـ وصلت قافلة السيدة المعصومة إلى مدينة قم، واستقبلها الناس بحفاوة بالغة، وكانوا مسرورين لدخول السيدة ديارهم. وكان موسى بن خزرج ذا يسر وبيت، وأنزل السيدة في داره وتكفل لضيافة السيدة المعصومة عليها السلام ومرافقيها. واستشعر موسى بن خزرج فرط السعادة بخدمته لضيوف الإمام الرضا عليه السلام. وهيأ لهم كل ما يحتاجونه بسرعة. ثم اتخذت السيدة فاطمة المعصومة معبداً لها في منزل موسى بن خزرج لكي تبتهل إلى الله وتعبده وتناجيه وتشكو إليه آلامها وتستعينه على ما ألم بها. وهذا المعبد باق إلى الآن ويسمى ب"بيت النور". أقلق مرض أخت الإمام علي الرضا عليه السلام مرافقيها وأهالي قم كثيراً، مع أنهم لم يبخلوا عليها بشي‏ء من العلاج، إلا أن حالها ازداد سوءاً يوماً بعد يوم. لأن المرض قد تجذر في بدنها الشريف.

في العاشر من ربيع الثاني 201 للهجرة توفيت السيدة المعصومة عليها السلام دون أن ترى أخاها الحبيب. ودمعة عينها وغم فؤادها لم تسكن ولم تنقض لفراقه. فجع أهل قم بتلك المصيبة وفي غاية الحزن لوفاتها أقاموا العزاء عليها. وتكفلت نساء الشيعة ومحبات أهل البيت عليهم السلام باحترام كبير غسل الجسد المطهر للسيدة المعصومة وكفنوها. وعندما حان وقت الدفن رأى زعماء الأشعريين ووجوههم أن يدفن الجسد الطاهر في مكان مناسب غير المقبرة العامة. وإنما عزموا هذا الأمر لما يهمهم من شدة الإحترام لبنت الإمام الكاظم عليه السلام ولم يرغبوا أن تدفن بجنب الآخرين. فانتهت مراسم الدفن بكل احترام بين حزن وبكاء، وأصبحت مدينة قم التي سميت بحق "عش آل محمد عليهم السلام" مزار بضعة الإمام الكاظم عليه السلام. ثم إن موسى بن خزرج أوقف بستانه ـ احتراماً لمزار السيدة ـ للمسلمين، كى يدفن شيعة علي عليه السلام موتاهم حول المرقد الشريف. ثم بنى أهل قم كوخاً من الحصر على مرقد السيدة المعصومة عليها السلام، وبعد مضي خمسين سنة وباهتمام من السيدة زينب بنت الإمام الجواد عليه السلام بنيت أول قبة على قبر السيدة المعصومة. ثم جدد بناء الحرم المطهر من قبل محبي وشيعة أهل البيت عليهم السلام وتوسع حتى أصبح بالشكل الذى هو عليه الآن. وبعد سنوات من وفاة السيدة المعصومة دفنت عدة من بنات الأئمة بجوار المزار الشريف ما يوجب مزيد من أهمية هذه التربة المباركة الطاهرة. على طول التاريخ كان الحرم المنور للسيدة المعصومة ملاذاً للشيعة وسبب خير وبركة لأهل قم. وكم من المحتاجين يسرت حاجاتهم، وكم من المرضى نالوا الشفاء بفضل كريمة أهل البيت عليهم السلام، ويوم القيامة ستأخذ إن شاء الله بأيدي زوارها إلى شاطى‏ء النجاة، "يا فاطمة اشفعى لنا في الجنة...". وروي عن الإمام جعفر الصادق عليه السلام أنه قال عن قم: "تُقبَض فيها امْراةٌ منْ وُلْدى، اِسْمُها فاطِمَةُ بِنْتُ مُوسى، وتَدْخُلُ بِشَفاعَتِها شيعَتى الجنّة بَأجْمَعِهِمْ".
وقال الإمام علي الرضا عليه السلام عنها: مَنْ زارَ الْمَعْصومَةَ بِقُمْ كَمَنْ زارَني .
و الجدير بذكره أن بعض الروايات تذهب إلى أن الإمام الرضا و ابنه الإمام الجواد عليهما السلام حضرا متخفيين جنازتها و صليا عليها.