Pasca peristiwa pengharaman tembakau oleh Mirza Bozourgh Shirazi, Allamah Thabathabai kembali ke Tehran dan mulai melakukan perjuangan politiknya lewat Revolusi Konstitusi. Ayatullah Sayid Muhammad Thabathabai merupakan ulama pejuang dan termasuk pemimpin utama Revolusi konstitusi.

Ayatullah Thabathabai bekerjasama dengan Ayatullah Sayid Abdullah Behbahani yang juga merupakan salah satu pemimpin revolusi ini berjuang melawan penindasan Dinasti Qajar. Ketika Ain al-Daulah menjadi Perdana Menteri Mozaffaredin Shah, tekanan terhadap para pejuang semakin keras. Alaeddin, Gubernur Tehran menangkap sejumlah pedagang dan mengikat mereka di kayu. Menyaksikan hal itu, kedua rohaniwan pejuang ini bersama-sama rakyat berlindung di kompleks makam suci Hazrat Abd al-Azhim di kota Rey dan melakukan aksi mogok di sana.

Aksi mogok ini menjadi cikal bakal Revolusi Konstitusi di Iran. Namun pasca ditutupnya parlemen oleh Muhammad Ali Shah Qajar, Ayatullah Sayid Abdullah Behbahani diasingkan dan Ayatullah Thabathabai ditahan di rumahnya.

Ayatullah Sayid Muhammad Thabathabai selain seorang pejuang di jalan Allah, juga seorang ulama. Oleh karenanya, beliau tidak pernah lupa mendidik murid. Akhirnya, setelah menanggung segala penderitaan dalam perjuangannya, ulama pejuang ini meninggal dunia pada usia 81 tahun dan dimakamkan di kompleks makam suci Hazrat Abd al-Azhim di kota Rey.