Menegaskan pentingnya keterlibatan dalam sebuah sistem, Ustadz Ahmad Hidayat membedakan secara tegas antara organisasi sebagai bentuk kelembagaan dan pengorganisasian sebagai sebuah proses. Menurutnya, yang menentukan keberhasilan perjuangan bukanlah keberadaan organisasi semata, melainkan sejauh mana setiap individu mampu mengintegrasikan dirinya ke dalam sebuah sistem yang bekerja.

“Siapa pun yang bergerak tanpa terlibat dalam sistem pengorganisasian. Organisasi berbeda dengan pengorganisasian. Organisasi adalah bentuk, sedangkan pengorganisasian adalah proses ketika setiap orang mengintegrasikan dirinya ke dalam sebuah sistem. Dengan sistem itu, ia mengetahui tugas, peran, dan tanggung jawabnya, lalu menjalankannya dengan baik dan benar sehingga seluruh fungsinya sebagai hamba yang menunaikan taklif dapat terlaksana.”

Beliau kemudian mengingatkan bahwa kegagalan untuk terlibat dalam proses pengorganisasian akan membawa konsekuensi historis. Menurutnya, siapa pun yang memilih berjalan sendiri pada akhirnya hanya akan menjadi beban, bahkan pecundang, dalam arus besar perubahan sejarah.

“Tanpa itu kita akan gagal. Tanpa terlibat dalam sistem yang sedang bekerja, yang disebut pengorganisasian, siapa pun yang berjalan sendiri, maaf saya harus mengatakan, kalau tidak menjadi beban sejarah peradaban, ia akan menjadi pecundang dalam sejarah peradaban. Maaf, ini tidak mengenal ulama, intelektual, atau ustadz. Korbannya sudah terlalu banyak sepanjang sejarah. Terlalu banyak mereka yang bersorban, mengaku intelektual, tetapi akhirnya menjadi pecundang dalam sistem pergerakan yang sedang menggeser dunia dari unipolar menuju multipolar. Dan itu sedang terjadi.”