مورخان (اعم از مسلمان و غیرمسلمان) همگی اتفاق‌نظر دارند كه عامل اصلی سركوب فتنه‌ی بابیان، و اعدام پیشوای آنان (باب)، شخص امیركبیر بوده است. مهدی بامداد، یكی از اقدامات امیر در زمان صدارت را، در كنار «اصلاح امور مالیاتی، ارتش، تنظیم بودجه و تعدیل جمع و خرج مملكتی»، «قلع و قمع فتنه‌ی» تجزیه‌طلبانه «حسن خان سالار در خراسان»، «برافراشتن بیرق ایران در ممالك خارجه»، «تأسیس دارالفنون» و «ایجاد روزنامه‌ی وقایع اتفاقیه»، «فرونشاندن انقلاب بابیان» می‌داند[۱۱۴] و با اشاره به «شورشها و انقلابات خونین» پیروان باب در ابتدای سلطنت ناصرالدین شاه در نقاط مختلف كشور می‌نویسد: «اگر عرضه، كفایت، درایت، لیاقت و مدیریت میرزا تقی خان امیركبیر در امور نبود غائله و دامنه شورشها به این زودیها خاموش نمی‌شد و در این صورت حتمی بود كه وضع دولت و ملت ایران دگرگون می‌گردید.»[۱۱۵] دكتر عبدالحسین نوایی نیز، نقش امیر در قلع و قمع بابیه را بسیار تعیین كننده می‌داند و می‌نویسد: «میرزا تقی خان.... با قتل باب در تبریز و سركوب كردن فتنه‌ی زنجان و نیریز بساط باب را در ایران واژگون ساخت و نگذاشت كه ریشه‌ی فساد بیش از این در این سرزمین جای‌گیر گردد.»[۱۱۶] نورالدین چهاردهی، شخصیت پراطلاع از بابیت و بهاییت، نیز می‌نویسد: «این ناچیز از بزرگان ازلیها و بهاییها شنیده است كه باب و افراد حروف حی [مساوی یاران برجسته‌ی باب] همگی در صدد تغییر رژیم قاجاریه بوده و به جای آن، تمامی قوای خود را مصروف برپا شدن حكومت بیان [نموده] بودند و اگر میرزا تقی خان امیركبیر نبود مسلما به مقصود خود می‌رسیدند.»[۱۱۷] بهاییان سخنان چهاردهی را تأیید كرده‌اند.[۱۱۸] به قول ویلیام هاچر و دوگلاس مارتین، نویسندگان كتاب دیانت بهایی آیین فراگیر جهانی: «میرزا تقی خان صدراعظم ایران... مقتدرترین دشمن امر بدیع [مساوی بهاییت] شمرده می‌شود.»[۱۱۹] امیركبیر، حسینعلی بهاء را نیز در ۱۲۶۷ به كربلا تبعید كرد[۱۲۰] و دایی باب (حاجی سید علی تاجر شیرازی) را نیز كه در توطئه ترور امیر با بابیان همدست بود دستگیر و به علت عدم اظهار توبه، به مجازات رساند.[۱۲۱] افزون بر آن، حواریون و یاران باوفا و پابرجای امیركبیر نظیر آیت الله العظمی حاج شیخ عبدالحسین تهرانی (وصی امیركبیر)، حاج میرزا محمدهاشم طباطبایی (منشی مخصوص و محرم راز امیر)، عزیز خان مكری سردار كل (داماد امیركبیر) و میرزا سعید خان مؤتمن الملك (كاتب سر امیر و وزیر امور خارجه ناصرالدین شاه به سفارش امیر در سالهای پس از قتل وی) سخت با بابیه و بهاییه مخالف بودند و در قلع و قمع ریشه‌های آن در ایران و عراق اهتمام شایان داشتند. بی‌جهت نیست كه، با عزل و قتل امیركبیر، راه برای تاخت و تاز مجدد بابیان باز شد و میدان را تا آنجا برای پیشبرد اهداف خود فراهم دیدند كه تا مرز ترور (نافرجام) شاه نیز پیش رفتند. عباس امانت می‌نویسد: «بابیان، پس از شكستهای فجیع در مبارزات قلعه‌ی طبرسی و در شهرهای نی ریز و زنجان، و متعاقبا اعدام باب در شعبان ۱۲۶۶ در تبریز، سخت روحیه‌ی خود را باخته بودند، ولی پس از سقوط دولت امیركبیر مجال یافتند تجدید سازمان یابند و بخشهایی از شبكه خود را بازسازی كنند.»[۱۲۲] با این حال، نه تنها با اخراج امیر از صحنه، میدان برای تنفس مجدد بابیان باز شد، كه جانشین امیر، میرزا آقاخان نوری (كه تحت الحمایه‌ی انگلیسیها بود) از دوستان صمیمی حسینعلی بهاء بود و از بهاء كه توسط امیركبیر به عراق تبعید شده بود رسما دعوت كرد كه به تهران برگردد و پس از بازگشت نیز او را وسیله برادرش مورد پذیرایی گرم قرار داد و حتی پس از ترور نافرجام شاه، و دستگیری افراد، در مقام مخفی كردن بهاء (كه متهم به همدستی با تروریستها بود) برآمد، كه البته بهاء با احساس خطر شدید، پیشنهاد میرزا آقاخان را نپذیرفت و خود را به خانه فامیل نزدیكش، میرزا مجید آهی، منشی سفارت روسیه، رساند[۱۲۳] و سفیر روسیه (پرنس دالگوروكی) نیز بهاء را مورد حمایت آشكار و پی‌گیر خویش قرار داد. مرحوم امیر، با اقدام به سركوبی قاطع فتنه‌ی بابیان و اعدام و تبعید سران باب و بهاء همراه با انجام برخی اصلاحات سیاسی اجتماعی در كشور در چند سال نخست سلطنت ناصرالدین شاه، برای همیشه راه را بر پیشرفت این گروه در تاریخ ایران سد كرد. این نقش بی‌بدیل، از چشم بابیان و بهاییان مخفی نماند و او را آماج كینه‌توزی و فحاشی خود ساختند به قول نورالدین چهاردهی «بابیها و بهاییان سرسخت دشمن آشتی‌ناپذیرند و میرزا تقی خان امیركبیر و ناصرالدین شاه را لعن فرستند و این دو تن را مانند یزید و شمر می‌نگرند.»[۱۲۴] برای نمونه، عباس افندی در كتاب مقاله‌ی شخصی سیاح...، می‌نویسد: «میرزا تقی خان امیر نظام... سمند همت را در میدان خودسری و استبداد بتاخت. این وزیر شخصی بود بی‌تجربه و از ملاحظه‌ی عواقب امور آزاده. سفاك و بی‌باك و در خونریزی چابك و چالاك. حكمت حكومت را شدت سیاست دانست و مدار ترقی سلطنت را تشدید و تضییق و تهدید و تخویف جمهوری می‌شمرد و چون اعلی حضرت شهریاری [ناصرالدین شاه] در سن عنفوان شباب بودند، وزیر به اوهامات غریبه افتاد، و... بی‌مشورت وزرای دوراندیش، امر به تعرض بابیان كرد...»[۱۲۵] شوقی افندی (نواده و جانشین عباس افندی) در هتاكی به امیركبیر، راه جد خویش را پیمود و در لوح قرن از امیر با عناوینی چون «اتابك سفاك بی‌باك» و «امیر سفاك» یاد كرده[۱۲۶] می‌نویسد: «اتابك اعظم، تقی سفاك و بی‌باك كه حكم اعدام سید عالم را صادر نمود و جمعی از اصحاب را در مازندران و نیریز و زنجان و تهران شربت شهادت بنوشانید دو سال بعد از آن واقعه‌ی هائله به سخط شهریار پر كین مبتلا گشت و در حمام فین به اسفل السافلین راجع شد. برادرش كه در این عمل فظیع شریك و سهم گشت در همان ایام به دار البوار راجع شد.»[۱۲۷] نیز در كتاب قرن بدیع، از مرحوم امیر با تعبیر «وزیر بی‌تدبیر» یاد كرده، پس از شرح اعدام باب به اهتمام او و برادرش (وزیر نظام)، می‌نویسد: «امیر نظام سفاك و بی‌باك، محرك اصلی شهادت حضرت اعلی [مساوی باب]... دو سال پس از این واقعه هائله با برادرش [وزیر نظام] كه همدست و معاضد او بود به هلاكت رسید و جزای اعمال سیئه‌ی خویش را به رأی العین مشاهده نمود.»[۱۲۸]