پيش از اين گفته شد كه چون رسول خداصلى‌الله‌عليه‌وآله‌وسلم به مدينه وارد شد و در محله قباء فرود آمد شالوده مسجد قباء را ريخت ولى به پايان نرسيد،و چون قبله مسلمانان تغيير كرد حضرت به قباء آمد و با كمك اصحاب پايه هاى قبله مسجد را كه محراب آن به طرف بيت المقدس بود به سمت كعبه تغيير داد و ديوارهاى آن را در همين مكان فعلى كه هست بالا برد و روزهاى شنبه نيز پياده بدانجا مى آمد و در آن نماز مى گزارد،و به گفته گروه زيادى از مفسرين آيه شريفه سوره توبه كه در ذيل داستان"مسجد ضرار"خدا فرموده:
( "... لَا تَقُمْ فِيهِ أَبَدًالَّمَسْجِدٌ أُسِّسَ عَلَى التَّقْوَىٰ مِنْ أَوَّلِ يَوْمٍ أَحَقُّ أَن تَقُومَ فِيهِِيهِ رِجَالٌ يُحِبُّونَ أَن يَتَطَهَّرُواوَاللَّـهُ يُحِبُّ الْمُطَّهِّرِينَ ) (٤) درباره همين مسجد قباء نازل شده است.