اجتهاد و آزادی انديشه و تفكر، روح قوانين اسلامی و رمز بقا و جاودانگی شريعت محمدیصلی‌الله‌عليه‌وآله‌وسلم و عامل نشاط و تحرك اصول اسلامی می باشد و امتياز بزرگی است كه فقه جعفری را از ديگر مكاتب فقهی تفكيك و امتياز می بخشد.
ازادی اجتهاد و لزوم بحث و بررسی در جوانب و ابعاد احكام الهی است كه خود می تواند سر فصل و سرچشمه انديشه ها و تحولات و تكامل ها گردد و فرصت كافی به رزمندگان صفوف علم و انديشه إعطا نمايد. خصوصيت بزرگی كه در مكتب علمی و تربيتی امام صادقعليه‌السلام وجود دارد آزادی بهره برداری از علوم و انديشه ها و اعتقاد و ارج و احترام نهادن فوق العاده به دانش دانشمندان می باشد.
قبل از توضيح اين مسألة نخست حديثی از امام بزرگوار در اين باره نقل می گردد، سپس به بررسی جوانب حوزه علمی و فكری او می پردازيم. امامعليه‌السلام در مورد بنی اميه تعبير جالبی دارد كه می تواند گوشه هائی از هدف ما را توضيح دهد و خطرات و آسيب های يك بعدی بودن انديشه های منتسبين اسلام را روشن و عظمت انديشه های والای پيشوايان اسلام را ترسيم نمايد.
او می فرمايد: بنی اميه مردم را در فراگرفتن ايمان آزاد گذاشتند ولی برای گرفتن و آموختن شرك آزادی عمل ندادند تا خود شرك را بشناسند و هدف آنان اين بود كه هر وقت عمل مشركانه ای بر آنان تحميل نمودند ندانسته و ناآگاه آن را بپذيرند و انجام دهند.(۴۵)
شارحين كتاب شريف كافی از آن جمله والد محترم شيخ بهائی در شرح اين حديث نظرياتی ابراز داشته اند كه هیچكدام نمی تواند بازگو كننده وشارح معنای حديث باشد.
هدف امامعليه‌السلام توجه دادن مردم به فساد يك بعدی بودن شناخت و معرفت می باشد كه بنی اميه و ديگر سردمداران كفر و ستم هميشه خواسته اند ملت را در همان حال نگه دارند فقط دم از ايمان و اسلام بزنند بی آنكه حدو وثغور و شرائط و مقتضيات و جنبه های مثبت و منفی قضيه را بشناسانند يا معايب و نواقص و نكات قوت و مثبت مكاتب ديگر را هم نشان دهند كه انسان با آگاهی و شعور كامل، به اعتقادات خود دل ببندد.
اين كلام معجزه آسا از پيشوای راستين امت اسلام وسعت نظر وافق ديد وسيع آن بزرگوار را در برخورد با مسائل معرفت و شناخت، به خوبی نشان می دهد و يكی از راههای شناخت را كه توجه كامل به اضداد آن می باشد راهنمون می گردد و به ما می آموزد ايمان واقعی جز با دوری از تعصب وجهل آن هم با آگاهی و إحاطه وسيع بر تمام جوانب و ابعاد قضيه امكان ندارد و در راه تحصيل آن بايد به اضداد و مصاديق مختلف و متضاد آن نيز توجه داشت ايمان نافذ و با بصيرت در صورتی به دست می آيد كه با اطلاع كامل، صورت گيرد، چون فرد مؤمن يك بعدی و بی مطالعه و بدون بررسی با كوچك ترين برخورد، دست از ايمان سطحی و قشری خود برمی دارد.
ولی ايمان و اعتقادی كه از روی علم و آگاهی و بينش و آزمايش كامل به دست آمده باشد هرگز در برخورد با انديشه متضاد و ناملايمات از ميان نمی رود و مؤمن آگاه از معايب و نواقض و ريشه های ديگر مكاتب فكری و اعتقادی هرگز به آسانی دست از ايمان راسخ و اعتقاد سالم خود، بر نمی دارد. از اينرو در قرآن مجيد هم بيش از هر موضوع ديگر، به تدبر وتفقه وتعقل و تفكر دعوت شده است ناگفته پيداست كه اعتقادات بدون پشتوانه علم و آگاهی سخت لرزان و مضطرب و منحرف می باشد و قرآن مجيد سخت ما را به علم فرا می خواند به حدی كه در آيات نورانی آن بيش از هفتصد و پنجاه آيه در مورد علم و دانش وجود دارد.(۴۶)
و امام صادقعليه‌السلام می فرمايد: «لو علم الناس ما في طلب العلم لطلبوه ولو بسفك الدماء .» اگر مردم به فضيلت و كمالی كه در جستجوی علم و دانش وجود دارد آگاهی كامل داشتند از پی آن می رفتند هر چند با ريختن خون دل های خويش يا در حديث ديگر فرو رفتن در اعماق آبهای متراكم باشد.(۴۷)
پايه گزار و رئيس مذهب با توجه به وسعت ديد علمی امامعليه‌السلام و با توجه به بررسی ها و نظر گاه های علمی و فقهی آن بزرگوار در برخورد با مسائل فقهی و عقيدتی آن روز و با توجه به دوران رشد و نمای انديشه ها و بروز و طلوع عقايد و افكار گونه گون، امام صادقعليه‌السلام روشنگری و توضيح اصول اعتقادی و علمی مكتب امامت و فقاهت را بر عهده گرفت و اعتقادات راستين را بر ملا ساخت و نهضت فكری اصيل را از گزند آفات و حوادث مصون داشت، انحرافات و كجرويها را از حدود وثغور آن مطرود ساخت، و سخنان و طرحها و تعاليمی را القاء نمود كه مدرك و منبع قواعد و قوانين اسلامی گرديد كه هم اكنون بيش از صد قاعده ء مهم در فقه جريان دارد و هزاران مسألة فقهی از آنها استتناج می گردد كه اغلب ملهم و متخذ از سخنان و فرموده های آن بزرگوار می باشد كه ريشه به پيامبر اسلام می رساند.(۴۸)
دكتر حامد حفنی استاد دانشكده زبانهای شرقی قاهره در پيشگفتار كتاب الامام الصادقعليه‌السلام می گويد: او از زمانی به نشر احكام فقهی اسلام مبادرت ورزيد كه دست های سياست عباسی و أموی با احكام فقهی اسلام بازی می كرد و مسائل فقهی را آنچنان كه مورد ميل و نظر آنان بود تصوير می نمودند و در طول هشت قرن حكومت آنان شيعه تا چه حدودی در فشار و زور و اختناق بسر می برد.
وی در مورد نشان دادن فشار و اختناق دوره سياه آن روزگار در مقام اعتذار از عدم تعرض محدث بزرگ محمد بن اسماعيل بخاری به فضائل و احاديث اهل بيتعليه‌السلام چنين می گويد: اما اعراض بخاری از آنگونه احاديثی كه بوسيله اهل بيتعليه‌السلام نبوت نقل شده است شايد از آن نظر باشد كه ترس و واهمه داشته است و در اثر كينه و عداوتی كه زمامداران آن روز با اهل بيت داشته اند اگر آن احاديث را در كتاب خود در كنار ديگر احاديث بياورد كتاب او كه اغلب احاديث رسول اللهصلی‌الله‌عليه‌وآله‌وسلم را گرد آوری نموده است كنار گذاشته شود يا قضاوت سوء درباره آن معمول گردد يا زنده به گور شود.
ترس از عقوبت حاكم او را به اين فكر اعراض، كشانده است پس در مورد اهل بيت تنها به علاقه قلبی خود اكتفاء نموده است.(۴۹)
می دانيم قبل از دوران حيات امام صادقعليه‌السلام مردم چنان رغبتی به تحصيلات نشان نمی دادند يكی از علل عدم توجه مردم خشكی نحوه ء تدريس بود رغبت به فرا گرفتن علوم از طرف مسلمانان از زمانی آغاز گرديد كه امام جعفر صادقعليه‌السلام روش تدريس را عوض كرد.(۵۰)
نويسندگان كتاب مغز متفكر شيعه اعتراف دارند امام صادقعليه‌السلام پس از پدر بزرگوارش امام باقرعليه‌السلام دارای مكتب درسی مستقل گرديد و نوآوری و تجددگرائی در مسائل اسلامی آغاز نمود.
او دوازده قرن قبل از كوپرنيك توانست اين مسألة را مطرح كند كه زمين به دور خود می گردد و در نتيجه شب و روز بوجود می آيد او می دانسته است كه زمين دارای نيروی فرار از مركز است و نيروی جذب را نيز دارد. در حالی كه در مراكز علمی آن روز اسكندريه، قسطنطنيه، گندی شاپور و بغداد هنوز كسی پی نبرده بود كه زمين به دور خود می گردد و روز و شب از آن گردش پديد می آيد.
پديد آورنده يك فرهنگ جامع مكتب علمی و تدريسی پيشوای ششم از آن نظر مورد اهميت است كه امام صادقعليه‌السلام حقيقت اسلام را نشان داد و جامعيت آن را مطرح كرد. در نيمه اول قرن دوم اسلامی يك تمايل نسبت به رهبانيت در ميان پيروان اهل بيتعليه‌السلام بوجود آمده بود و دشمنان غدار آنان كه تمايل فراوانی به انزوا كشاندن شيعه را داشتند به اين فكر دامن می زدند.
پيروان اين تز معتقد بودند كه آدمی بايد زندگی را رها كند و تمام عمر را در گوشه ای بگذراند و هرگز به فكر تلاش و كار و فعاليت نيافتد عده ای به اعتكاف در مساجد رو آورده بودند، عده ای به نماز و روزه، جمعی روزه را بر نماز ترجيح می دادند وعده ای تجرد و ازدواج ننمودن را همانند رهبانان شعار خود قرار داده بودند.
يكی از مهمترين اقدامات امام اين بود كه به عنوان وارث پيام رسالت، خود به كارهای سازنده دنيوی مانند كشاورزی و باغداری اقدام كند و نظرات مثبت اسلامی را در مورد توجه يكسان به دنيا و آخرت هر دو به عنوان آغاز و انجام يك زندگی واحد بيان دارد و رهبانيت و گوشه نشينی وانزوا طلبی را محكوم و مطرود سازد.
دوران زندگانی آن حضرت از ويژگی ها و خصوصياتی برخوردار است كه موقعيت آن بزرگوار را از ديگر پيشوايان امتياز می بخشد. نخست آنكه مدت امامت آن پيشوا مدتی نسبتا طولانی تر از ديگر پيشوايان بوده است و بالغ بر ۳۴ سال و اندی بوده است كه خود می تواند فرصت پر ارزشی به او بخشد.
ديگر آنكه دوران رهبری و امامت آن حضرت توأم با دوران پيری و ضعف وزوال حكومت اموی و آغاز صباوت و تشكيل حكومت بنی عباس بود و كشمكش دو قطب در سرنگهداری و تشكيل حكومت جديد، موقعيت مساعدی را در اختيار امام قرار می داد كه ديگر حضرات از چنين فرصتی بهره ای نداشتند.