امام باقرعليه‌السلام برای از بين بردن حاكمان، به قيام علنی روی نياورد؛ زيراشرايط را مناسب نمی ديد و ياران كافی در اطراف خويش سراغ نداشت. البته آن حضرت منكر جهاد و مبارزه علنی و مسلحانه عليه حكّام فاسد نبود؛ چنان كهنقل است كه فرموده است:
هر گاه به شمار اهل بدر (سيصد و سيزده نفر) گرد امام جمع شوند، بر امام واجب میشود كه قيام كند و عليه حكومت به نبرد برخيزد.(۱۲۳)
ولی آن حضرت نفرت خود را همواره از فرمانروايان ناصالح آشكار می كرد و در بخشیاز روايات با صراحت جبّاران را همواره نكوهيده است من جمله در روايتی آن حضرت از جدّ خويش پيامبر اسلامصلى‌الله‌عليه‌وآله‌وسلم نقل كرده است:
دو گروهند كه شفاعت من شامل آنان نخواهد شد: سلطان بيدادگر و مستبد و شخصی كه دردين غلو و تندروی دارد و از باورهای دينی برگشته است واهل توبه و بازنگری نيست.(۱۲۴)
بدبينی امام باقرعليه‌السلام نسبت به حاكمان فاسد عصر خويش، چيزی نبود كه ازنظرها مخفی باشد يكی از افراد معروف نخع با شناختی كه از امام باقرعليه‌السلام دارد و می داند كه آن حضرت، عملكرد حاكمان عصرش را نادرست و ظالمانه می شمارد،به ايشان عرض می كند كه من از زمان حجاج تاكنون والی بوده ام، آيا راهی برایتوبه من هست؟
حضرت سكوت می كند. مرد سؤ الش را تكرار می كند. امام می فرمايد:
راهی برای توبه نيست مگر اين كه هر حقی را از مردم ضايع كرده ای به آنانبازگردانی.(۱۲۵)
امام باقرعليه‌السلام شيعيان را از نزديك شدن به سلاطين و حتی برقرار نمودنروابط اقتصادی با آنان منع می فرمودند. ابوبصير می گويد از امام باقرعليه‌السلام درباره اشتغال به كار در امور حكومتی و استخدام در كارهايشان سؤال كردم. امام باقرعليه‌السلام فرمود:
هرگز به خدمت آنان در نياييد حتی به اندازه يك مرتبه فرو بردن قلم در مركّب؛ زيراهيچ كس به خدمت ايشان در نمی آيد و از مزايای مادّی آنان بهره ای نمی گيرد، مگر اين كهبه همان اندازه به دين او لطمه می زنند.(۱۲۶)
آنچه در زندگی امام باقرعليه‌السلام و ديگر امامان می بينيم، اين است كه افزون برويژگی هايی كه در شخصيت آنان بوده كه موجب می شده حكومت های جور متعرّض آنانشوند، بينش های سياسی آنان باعث احساس خطر حاكمان می شده است. شخصيّت اجتماعیتا زمانی كه فاقد بينش خاصّ سياسی باشد، مورد تعرّض واقع نمی شود؛ مثلا خطبهای امام باقرعليه‌السلام در مكه ايراد نمودند، زمانی كه هشام بن عبدالملك هم برای حجآمده بود.(۱۲۷) از جمله سخنان آن حضرت چنين بود:
ما خلفای الهی هستيم. پس آن كسی كه از ما پيروی كند، سعادتمند است و كسی كه ما رادشمن بدارد و با ما مخالفت كند، نگونبخت است.
هشام كه صلاح نديد در چنان شرايطی متعزض امام باقرعليه‌السلام شود، آن حضرت وفرزند گرامی اش را به دمشق احضار نمود.(۱۲۸)
هشام بن عبدالملك با تدابيری زيد بن حسن را، كه مدّعی بود چون از نسل حسن بن علیعليه‌السلام است و امام باقر ازنسل حسين بن علیعليه‌السلام است و او از نسل فرزند بزرگ تر است پس به امامتسزاوارتر است، عليه آن حضرت به كار گرفت.
زيد بن حسن نيز با تدبيری زيناسب را آغشته به سمّ كرد و از اين طريق امام باقرعليه‌السلام را مسموم ساخت و به شهادت رسانيد. بنابراين، هشام توانست به صورت مخفی و به وسيله فردی از خاندان علیعليه‌السلام آن حضرت را به شهادت برساند.(۱۲۹)