قبل از اينكه سپاهيان اسلام به سوى قلعه دشمن حركت كنند، محمدبن سلمه به همراه چهار نفر از نيروهاى زبده و كارآزموده رزمى و اطلاعاتى به قصد ترور كعب بن اشرف يهودى به سوى قلعه بنى النضير روانه شدند حضرت نيز از دور آنان را تعقيب نموده و خود را در محلى نزديك قلعه مخفى كرده بود تا بتواند بر شيوه ترور كعب نظارت كامل داشته باشد.
هنگامى كه محمدبن سلمه وارد قلعه بنى النضير شد همراهان خود را در موقعيتى مناسب و دور از چشم دشمن مستقر كرد، سپس درب قصر كعب بن اشرف را كوبيد، كعب كه در كنار زن جوان و تازه عروس خود نشسته بود سرش را از پنجره بيرون آورد و نگاهى به درب قصر انداخته و صدا زد: چه كسى در مى زند؟
محمد بن سمله گفت: من محمد برادر رضاعى ات هستم، رسول خداصلى‌الله‌عليه‌وآله‌وسلم نياز به پول داشت تا ديه آن دو شخص را كه از روى خطا كشته اند را بپردازد، پس از من درخواست پول كرد و من دستم خالى بود، به فكر افتادم كه از شما مبلغى قرض گرفته و در فرصتى مناسب پرداخت نمايم.
كعب گفت: من پول درخواستى را پرداخت مى كنم ولى بدون وثيقه نمى شود محمدبن سلمه گفت: من وثيقه و امانت را به همراه آورده ام، پول را بده و وثيقه را از من بگير.
نوعروس كعب بن اشرف زن بسيار زرنگ و ماهرى بود، هنگامى كه صداى محمدبن سلمه را شنيد به وى مظنون شد و كعب را از پرداخت پول برحذر داشت، ولى هرچه تلاش كرد نتوانست او را از اين كار منصرف كند. پس آن دو به يكديگر دست داده و با هم معانقه كردند.
در ضمن صحبت، كمى از قصر دور شده و به صحرا رسيدند، پس محمدبن سلمه دست برگردن كعب انداخت، چهار نفر ديگر از پشت به او حمله كردند و او را از پاى درآوردند.
ضجه و ناله كعب بلند شد، از صداى كعب زن وى فريادى كشيد و قبيله بنى نضير را از كشته شدن كعب با خبر كرد، هنگامى كه بنى النضير از قلعه خارج شدند و به صحرا شتافتند محمد بن سلمه و همراهانش منطقه ترور را ترك كرده و به خدمت رسول خداصلى‌الله‌عليه‌وآله‌وسلم رسيدند و او را از قتل كعب آگاه نمودند.
روز بعد قبل از فرمان حمله، حضرت خبر ترور كعب بن اشرف را به سپاهيان اسلام بازگو كرد و بدين وسيله روحيه شجاعت و دلاورى را مجددا در سپاه زنده كرد(۱۲۴) سپاهيان اسلام را خوشحالى زائدالوصفى فرا گرفت، حضرت پرچم فرماندهى عمليات را به دست علىعليه‌السلام داد و سپاه اسلام تحت فرماندهى علىعليه‌السلام قرار گرفت.
در سحرگاه دستور حمله صادر شد و قبل از طلوع آفتاب قلعه بنى النضير به محاصره كامل درآمد، سپاهيان اسلام بخشى از درختان خرما را كه جنبه ايذائى داشت قطع كرده و سوزانيدند، اين مسأله مورد اعتراض يهود بنى النضير قرار گرفت و گفتند: شما ما را از كارهاى بد نهى مى كنيد و مع ذلك دست به كارهاى ناشايست مى زنيد؟ خداوند متعال جهت منكوب نمودن يهود اين آيه را نازل فرمود:( مَا قَطَعْتُم مِّن لِّينَةٍ أَوْ تَرَكْتُمُوهَا قَائِمَةً عَلَىٰ أُصُولِهَا فَبِإِذْنِ اللَّهِ وَلِيُخْزِيَ الْفَاسِقِينَ ) (۱۲۵) .
محاصره قلعه بنى النضير توسط سپاهيان اسلام ۱۵ روز به طول انجاميد، عرصه بر آنان تنگ شده و سرانجام تسليم شدند و عرضه داشتند: ما تابع كليه خواسته هاى شما هستيم از كشتن ما صرف نظر كنيد، حضرت تقاضاى آنان را مبنى بر مصالحه پذيرفت و قراردادى تنظيم كرد كه
الف - از سرزمين اسلام (مدينه) خارج شويد.
ب - هر سه نفرتان حق دارد يك شتر اثاثيه به همراه بردارد.
ج - كليه مايملكتان - چه منقول و چه غير منقول - از ملكتان خارج و متعلق به دولت اسلامى است(۱۲۶) .
اين قرارداد به امضاى طرفين رسيد و براساس قرار داد، رسول خداصلى‌الله‌عليه‌وآله‌وسلم آنان را از مدينه خارج كرد.
طبرى گويد: اموال بنى النضير به طور كامل به طلق رسول خداصلى‌الله‌عليه‌وآله‌وسلم قرار گرفت، زيرا در اين حمله دشمن بدون درگيرى به سپاه اسلام تسليم، و مسلمانان در اين اموال شركت نداشتند و رسول خداصلى‌الله‌عليه‌وآله‌وسلم براساس ولايت مطلقه الهى در مورد مصرف آن مجاز مى باشد(۱۲۷) .