پس از آنكه عمر بن خطاب در بستر مرگ قرار گرفت و از دنيا رفت عثمان روز چهارم محرم الحرام سال ٢٤ هجرى بر مسند خلافت نشست حدود ١٢ سال خلافت كرد و در اواخر سال ٣٥ هجرى (نيمه ماه ذى حجه در مدينه در خانه خود كشته شد).
در اين هنگام برنامه ديگرى به روى مسلمانان گشوده شد و فصل ديگرى آغاز گرديد.
نظر مسلمانان براى خليفه جديد مختلف بود اكثريت مردم به انتخاب حضرت امير المؤ منينعليه‌السلام نظر داشتند. ولى عده اى از طلحه و عده اى از زبير و بنى اميه از معاويه و مروان نام مى بردند.
در اين بحران حساس و طوفان - مسلمانان بر جسته همچون عمار ياسر و مالك اشتر ابو الهيثم و ابو ايوب غير از علىعليه‌السلام هيچ كس را براى مقام رهبرى لايق تر و برتر نمى دانستند.
دانشمند معروف اهل تسنن ابن ابى الحديد مى نويسد: هنگامى كه عثمان كشته شد طلحه به خلافت طمع كرد و اصرار داشت كه به اين مقام برسد.
اگر تلاش مالك اشتر و همدستان او از شخصيت هاى شجاع عرب براى خلافت علىعليه‌السلام نبود هرگز اين مقام به آن حضرت نمى رسيد.
سپس مى نويسد وقتى كه با انتخاب خلافت علىعليه‌السلام طلحه و زبير از دست يابى به خلافت محروم شدند تصميم بر مخالفت با علىعليه‌السلام گرفتند و عايشه را دستيار خود قرار داده و به بصره روانه شدند و در آنچه به آشوب و فتنه دست زدند و جنگ جمل را به وجود آوردند و آن جنگ مقدمه جنگ صفين گرديد.
«شرح نهج البلاغه ابن ابى الحديد، ج ٩، ص ٢٩».
سه روز يا پنج روز بعد از كشته شدن عثمان همه مهاجران و انصار و افراد ديگر از مسلمانان عراق و مصر و يمن و غيره با امير المؤ منين علىعليه‌السلام بيعت كردند اين واقعه در روز جمعه هيجدهم يا نوزدهم ذى حجه سال ٣٥ هجرى رخ داد، و آن حضرت بعد از ٢٥ سال دورى از متن رهبرى زمام امور رهبرى را به دست گرفت و مدت خلافت ظاهرى و رهبرى آن امام مظلوم چهار سال و نه ماه و چند روز طول كشيد.
در آغاز تمام نيروها و امكانات خود را براى اصلاح امور و پاكسازى تباهى هاى عصر عثمان به كار گرفت و با اقدام هاى انقلابى به سامان دادن شئون مختلف پرداخت نخستين خطبه او در نهج البلاغه خطبه ١٦، آمده بيانگر اهداف او در به دست گرفتن زمان امور حكومت است در فرازى از اين خطبه آمده فرمود: آگاه باشيد تيره روزى ها همچون عصر بعثت پيامبرصلى‌الله‌عليه‌وآله‌وسلم بار ديگر به شما روى آورده عبارت نهج البلاغه :
و الذى بعثه بالحق لتبلبلن بلبله و لتغربلن غربله و لتساطن سوط القدر حتى يعود اسفلكم اعلاكم و اعلاكم اسفلكم
سوگند به كسى كه پيامبرصلى‌الله‌عليه‌وآله‌وسلم را به حق مبعوث كرد به سختى مورد آزمايش قرار مى گيريد و غربال مى شويد و همانند محتويات ديك هنگام جوشش زير و رو خواهيد شد به گونه اى كه بالا نشينان در پايين و پايين نشينان در بالا قرار خواهند گرفت
آنان كه به راستى در اسلام پيشگام هستند و به كنار رفته بودند بار ديگر سر كار خواهند آمد و كسانى كه با نيرنگ خود را به پيش انداخته بودند عقب زده خواهند شد.
«نهج البلاغه ، خطبه ١٦».
يكى از دوستان علىعليه‌السلام به نام ضرار بن ضمره به شام رفت (البته اين قضيه بعد از رحلت علىعليه‌السلام بود) و در جلسه اى با معاويه ملاقات كرد معاويه كه او را مى شناخت گفت مقدارى از شاءن علىعليه‌السلام برايم تعريف كن او تا اسم على علىعليه‌السلام را شنيد منقلب شد و بى اختيار قطرات اشك از چشمانش سرازير گرديد و گفت از اين تقاضا بگذر و معافم كن
معاويه اصرار كرد و گفت از تو دست بر نمى دارم تا مقدارى از فضائل علىعليه‌السلام برايم بگوئى او به مطالبى از شاءن امير مؤ منان علىعليه‌السلام اشاره كرد و در ميان اين مطلب دو جمله اى گفت كه بسيار بلند معنى است گفت :
لا يخاف الضعيف من جوره و لا يطمع القوى فى مثله ؛
مستضعفان و مستمندان ترس آن نداشتند كه از ناحيه او به آنها ظلم بشود و زورمندان در نيل به اهداف باطل خود در او راه نداشتند.
«سفينه البحار، ج ٢ قديم ، ص ٧٢، دو جلدى ».