Imam Muhammad Mahdi afs dilahirkan di rumah orang tuanya, tepatnya di kota Sammara, Irak, menjelang terbit fajar atau subuh, hari Jumat, 15 Syakban, 255 Hijriah, dari seorang ibu mulia bernama Narjis binti Yasyu. Ibunya keturunan Hawwariyun dan nasabnya bersambung ke Syam’un, salah satu wasi (pengemban wasiat) Nabi Isa as. Kendati proses kelahirannya sangat dirahasiakan, berita kelahiran beliau diketahui dalam keadaan bersih dan sudah terkhitan.

Imam Hasan Askari as meminta bibinya, Sayyidah Hakimah binti Muhammad Jawad untuk menemani persalinan istri beliau. Saat terlahir, Imam Mahdi afs langsung berlutut seraya mengangkat jari telunjuknya menunjuk ke langit, dan berdoa, “Segala puji milik Allah, Tuhan semesta alam, shalawat Allah kepada Muhammad dan keluarga beliau, aku adalah hamba yang ingat (zikir) kepada Allah, aku tidak pernah bosan dalam berzikir, dan aku bukanlah orang yang menyombongkan diri.” (Kasyf Ghummah, juz 3, hal. 288; Muntakhah al-Atsar, hal. 431, dan lain-lain)

Di lengan kanan beliau terdapat tulisan bercahaya, “Telah datang kebenaran, sirnalah kebatilan.” Sedangkan di lengan setiap imam (ulul amri) saat dilahirkan tertulis, “Telah selesai kalimat Tuhanmu dengan kebenaran dan keadilan.” (QS. al-An’am: 115)